Modele jabba

Les matériaux de ce référentiel présentent l`outil d`évaluation des stocks «juste une autre évaluation de la biomasse bayésienne» JABBA. La motivation pour le développement de JABBA était de fournir une interface R à JAGS (Plummer) conviviale pour le montage de SPMs d`État bayésien généralisé dans le but de générer des estimations et des diagnostics d`état des stocks reproductibles. S`appuyant sur les progrès récents dans l`optimisation des procédures d`ajustement par le développement d`approches de modélisation spatiale bayésienne, JABBA est issu d`un processus de développement continu d`un outil SPM bayésien d`état-espace qui a été appliqué et testé dans nombreuses évaluations à travers les océans. JABBA a été conçu dans l`été hawaïen de 2015 comme une collaboration entre les jeunes chercheurs de l`Afrique du Sud et le Pacific Islands Fisheries Science Center (NOAA) à Honolulu, HI USA. L`objectif était de fournir un pont entre les modèles dynamiques structurés par âge et la biomasse, qui sont encore largement utilisés. JABBA fonctionne rapidement et génère par défaut de nombreuses parcelles utiles et des outils diagnostiques pour les évaluations de stocks. Les évaluations des stocks sont des analyses scientifiques qui fournissent aux gestionnaires de la pêche des informations sur une espèce et ses pêches. Ils utilisent la biologie du poisson, l`abondance et les taux de capture dans un modèle mathématique pour décrire comment les poissons grandissent et réagissent aux récoltes de pêche. Les modèles produisent des estimations qui constituent la base des réglementations nationales et internationales en matière de pêche.

Felipe et Henning croyaient que ce super-modèle améliorerait sensiblement la qualité et la crédibilité de leurs évaluations, et renforcerait l`utilisation des modèles d`évaluation des stocks dans le monde entier. Pendant plus d`un an, leur collaboration a fonctionné à travers des courriels et des appels vidéo-parfois au milieu de la nuit, comme l`Afrique du sud est de 12 heures d`avance sur Hawaii. Outre les défis de la collaboration à distance, ils ont été très excités par les progrès de leur projet. Dans l`été hawaïen de 2015, Henning s`est rendu au PIFSC en tant que chercheur invité pendant quatre semaines pour travailler sur JABBA avec Felipe. À ce stade, Felipe et Henning devaient centraliser le code et la procédure du modèle. Entrez Maia Kapur, fraîchement sorti de sa maîtrise, un nouveau membre du programme d`évaluation des stocks au PIFSC. Maia avait juste l`arrière-plan de l`équipe nécessaire pour rendre l`outil plus transparent et à accès libre. Elle a rapidement vu l`occasion de mettre le modèle dans le Mainstream comme un paquet gratuit sur la plate-forme de codage GitHub. Cela signifiait tirer parti de la documentation riche et de la refonte du code dans un format lisse et bien annotée. L`équipe l`a nommé «JABBA» (juste une autre évaluation de la biomasse bayésienne), un hommage au code JAGS qui sous-tend sa structure. Le développement du modèle est un exemple passionnant de collaboration scientifique entre des scientifiques de différentes nationalités, reliés et facilités par le financement et l`expertise de la communauté des pêches de la NOAA.

Enfin, c`est un rappel puissant de la façon dont l`ère numérique permet aux scientifiques de démocratiser les outils des sciences halieutiques dans le monde entier. L`équipe espère qu`il y a un avenir passionnant et collaboratif pour JABBA, et ne peut pas attendre pour voir ce qui est prochain. Aujourd`hui, JABBA est disponible en ligne pour téléchargement et ouvert à des améliorations collaboratives. L`équipe de JABBA a recruté un développeur de logiciels PIFSC, Eric Fletcher, pour développer un paquet R formel pour le modèle JABBA. Les organisations internationales de pêche ont contacté les auteurs dans l`intention d`utiliser JABBA pour les évaluations des stocks en 2018.

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